Binnen het MT gaat het vooral om het geheel van de Fryske Akademy. Er wordt besloten, besproken en geadviseerd tegen de achtergrond van de gemeenschappelijke zaken van de FA. De hoofdtaak is het zorg dragen voor de dagelijkse leiding van de FA. Alleen als er geen overeenstemming kan worden bereikt, heeft de directeur-bestuurder een doorslaggevende stem. Leden van het MT zijn de directeur-bestuurder, het hoofd algemene zaken drs. Jos Tjalsma en de vakgroepshoofden dr. Hanno Brand, dr. Arjen Versloot en prof.dr. René Jorna.

De Wetenschapscommissie heeft als taak aan de directeur, de Raad van Toezicht en de KNAW gevraagde en niet-gevraagde adviezen te geven over het beleid en het wetenschappelijke programma van de stichting Fryske Akademy. Leden van de Wetenschapscommissie zijn de hoogleraren prof.dr. Thony Visser (Leiden), prof.dr. Sietske Waslander (Groningen), prof.dr. Willy Martin (UVA), prof.dr. Pim Kooij (RUG), prof.dr. Roelant van Hout (Radboud Universiteit Nijmegen) en prof.dr. Joh. Fokkema (TU Delft) voorzitter.

De Maatschappelijke Adviesraad kan de directeur, de Raad van Toezicht en de provincie Fryslân gevraagde en niet-gevraagde adviezen geven betreffende de maatschappelijke dienstverlening van de stichting, waaronder ook het steunen van de vrijwilligers binnen de stichting Fryske Akademy valt. Leden van de Maatschappelijke Adviesraad zijn: mr. Ernest M.W. de Lange, drs. Theunis R. Piersma, Akkie Lindeboom-Jager en Pieter F. Visser.