Op grond van de statuten van 20 juni 2005 heeft de stichting Fryske Akademy een Raad van Toezicht. De dagelijkse leiding is in handen van een directeur-bestuurder, die daarbij assistentie krijgt van een Management Team. De Raad ziet toe op het door de directeur-bestuurder gevoerde beleid en beheer.

De Raad van Toezicht bestaat uit:

• Marten Koopmans, Leeuwarden (voorzitter)
• drs. Folkert van der Meulen, Groningen
• prof. dr. Eric J. Reuland, Hilversum
• mr. Douwe P. de Vries, Hurdegaryp

Directeur-bestuurder

• Prof. Reinier Salverda, directeur-bestuurder van de Fryske Akademy.

Management Team

Binnen het MT gaat het vooral om het geheel van de Fryske Akademy. Er wordt besloten, besproken en geadviseerd tegen de achtergrond van de gemeenschappelijke zaken van de FA. De hoofdtaak is het zorg dragen voor de dagelijkse leiding van de FA. Alleen als er geen overeenstemming kan worden bereikt, heeft de directeur-bestuurder een doorslaggevende stem. Leden van het MT zijn de directeur-bestuurder, het hoofd algemene zaken drs. Jos Tjalsma en de vakgroepshoofden dr. Hanno Brand, prof.dr. Arjen Versloot en prof.dr. René Jorna.

Wetenschapscommissie

De Wetenschapscommissie heeft als taak aan de directeur, de Raad van Toezicht en de KNAW gevraagde en niet-gevraagde adviezen te geven over het beleid en het wetenschappelijke programma van de stichting Fryske Akademy. Leden van de Wetenschapscommissie zijn de hoogleraren prof.dr. Anthonya Visser (Universiteit Leiden), prof.dr. Willy Martin (UVA), prof.dr. Roelant van Houd (Radboud Universiteit Nijmegen), prof. dr. Fred Weerman (Universiteit van Amsterdam), prof.dr. Lex Heerma van Voss (Universiteit Utrecht), prof.dr. Dirk Strijker (Rijksuniversiteit Groningen) en prof.dr. Joh. Fokkema (TU Delft) voorzitter.

Maatschappelijke Adviesraad
De Maatschappelijke Adviesraad kan de directeur, de Raad van Toezicht en de provincie Fryslân gevraagde en niet-gevraagde adviezen geven betreffende de maatschappelijke dienstverlening van de stichting, waaronder ook het steunen van de vrijwilligers binnen de stichting Fryske Akademy valt. Leden van de Maatschappelijke Adviesraad zijn: mr. Ernest M.W. de Lange, drs. Theunis R. Piersma, Akkie Lindeboom-Jager en Pieter F. Visser.

Het werk van de Fryske Akademy wordt mogelijk gemaakt door de ondersteuning van 

• de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen  
• de Provincie Fryslân

Beide instellingen staan garant voor het gros van de middelen waarover de Fryske Akademy kan beschikken, en dregen ook op andere wijzen bij aan het voortbestaan van de Fryske Akademy.